L'origine de l'utilisation du palo santo est très ancienne; il était utilisé par les chamans Incas lors des rituels religieux, comme outil pour attirer la chance et éloigner tout signe de négativité, et comme moyen d'obtenir une meilleure communication spirituelle avec leurs dieux. Cet arbre est aussi présent dans les rituels de mariages indigènes. Le couple doit planter une pousse de cet arbre en l'absence de témoins afin de lier leurs destins et que leur union dure éternellement.
Il a de nombreuses vertus purificatrices contre les mauvais esprits, les énergies et les forces négatives. Le palo santo est utilisé par les guérisseurs et les chamans pendant certains rituels.
